UrbanMetagenApp

Forschungslaufzeit: 1.10.2016 bis 30.9.2019

Der Lebensraum Stadt gewinnt immer mehr an Bedeutung und auch in dieser Umgebung spielen Mikroorganismen eine zentrale Rolle. Doch unser Wissen über die Dynamik des städtischen Mikrobioms und wie es unser Leben beeinflusst ist noch weitgehend lückenhaft. Der relativ neue Bereich der urbanen Metagenomik richtet nun erstmals den Blick auf Städte und das Wechselspiel zwischen dem Menschen und dem städtischen Mikrobiom.

Das Ziel des Projektes ist es, herauszufinden, wie sehr das Mikrobiom der Stadt, mit dem wir ständig in Kontakt kommen, das Mikrobiom unserer Handflächen verändert. In anderen Worten: wieviel der Mikroben, die wir auf unserem Weg durch die Stadt berühren, verbleiben auch tatsächlich auf der Oberfläche unseres Körpers und können so übertragen werden?

Zu diesem Zweck wird eine Analyseapplikation entwickelt, die auch außerhalb des wissenschaftlichen Kontextes, mit wenig Ressourcen wie Zeit, PC Leistung, Speicher und ohne Fachwissen verwendet und interpretiert werden kann. Da nicht eine Applikation alle Anwendungsfälle effizient abdecken kann, müssen Parameter für spezifische Use Cases definiert werden. In dem Projekt wird die Applikation für den Einsatz in der urbanen Metagenomik optimiert und mit der geplanten Metagenomstudie validiert. Die Applikation dient als Prototyp einer Analyseapplikation für städtische Metagenomanalysen. Die Software wird jedoch möglichst flexibel und modular gestaltet, sodass sie schnell an weitere Use Cases angepasst werden kann.

Forschungsziele

Hauptziele:

Durchführung einer Metagenomstudie als Use Case
Entwicklung einer leicht interpretierbaren, ressourcenarmen Metagenom Analyse Applikation
Analyse der Daten mit der entwickelten Metagenom Applikation
Visualisierung der Daten mithilfe der Metagenom Applikation

Nebenziele: