FH-Prof.in Mag.a Dr.in Alexandra Graf Forschung und Entwicklungalexandra.graf@fh-campuswien.ac.at T: +43 1 606 68 77-3602 F: +43 1 606 68 77-3609 Muthgasse 62 1190 WienPersönlicher WebspaceLehrveranstaltungen 2020/21Applied Life Sciences> Molekulare Genetik und Stammentwicklung VO Bioengineering moreMolekulare Genetik und Stammentwicklung VOVortragende: FH-Prof.in Mag.a Dr.in Alexandra Graf, Ing. DI (FH) Dr. Harald Kühnel, MSc2SWS4ECTSLehrinhalteVermittlung der Grundlagen der Molekularen Genetik: Woraus bestehen Lebewesen - was ist ihr Erbmaterial - aus welchen Kompartimenten – Strukturen? Wie werden diese Moleküle – Kompartimente – Strukturen an die Nachkommen weitergegeben? Wie wird die Information aus dem Genom in den Zellen umgesetzt? Wie sind die Prozesse „gesteuert“? Wodurch entstehen Unterschiede zwischen Arten oder Individuen? Wie erklärt man genetische – biologische Verwandtschaft auf molekularer Ebene? Grundlagen Teil Themen: - Geschichtlicher Zusammenhang - Genom, Transkriptom und Proteom - Unterschiede zwischen Eukaryoten, Prokaryoten, Archaea und Viren. - Replikation - Transkription - Translation - Mutationen und Rekombination Methoden die im Grundlagenteil behandelt werden: - SequenziertechnologiePrüfungsmodusschriftliche PrüfungLehr- und LernmethodeVorlesungSpracheDeutsch> Bioinformatik VO Bioengineering moreBioinformatik VOVortragende: FH-Prof.in Mag.a Dr.in Alexandra Graf0.5SWS1ECTSLehrinhalteEinführung in die Arbeitsumgebung mit Linux, R und Python. Einführung in das Arbeiten mit einer Serverumgebung und den Konzepten der Versionskontrolle mit Git.PrüfungsmodusPraktische ÜbungenLehr- und LernmethodeVorlesung (Powerpointpräsentation) praktische Übungen am ComputerSpracheDeutsch> Bioinformatische Datenanalyse (Statistik) UE Bioengineering moreBioinformatische Datenanalyse (Statistik) UEVortragende: FH-Prof.in Mag.a Dr.in Alexandra Graf1SWS2ECTSLehrinhalteEinführung in die Programmierung mit R und die Analyse von biologischen Datensätzen: R Themen: - Datentypen - Kontrollstrukturen - Funktionen - Pakete - PlotsPrüfungsmodusBeispiele in DataCamp und über MoodleLehr- und LernmethodeVorlesung und Übungen. Zugang zu DataCamp.SpracheDeutsch-Englisch> Programmkonzeption, Programmierung, Automatisierun… Bioengineering moreProgrammkonzeption, Programmierung, Automatisierung, Bachelorarbeit 1 SEVortragende: DI Norbert Auer, FH-Prof.in Mag.a Dr.in Alexandra Graf5SWS10ECTSLehrinhalteDie Vorlesung dient zur Betreuung der Bachelorarbeit, die Inhalte richten sich nach dem ausgewählten Thema. Python (Norbert Auer): Es werden aufbauend auf den bisherigen Lehrveranstaltungen sämtliche wesentlichen Mechanismen der Programmierung in Python vorgestellt und anhand von praktischen Beispielen geübt, wie Funktionen, Klassenhierarchien, Polymorphismus, Exceptions, Module, und Dateiein/ausgabe.PrüfungsmodusDiesese Vorlesung dient als Grundlage für die auszuführende Bachelor-Arbeit und wird zusammen mit dieser beurteilt.Lehr- und LernmethodeVortrag & Dialog, Interaktives Arbeiten, Übungen am NotebookSpracheDeutsch> Transcriptomics und Genomics ILV Bioinformatik moreTranscriptomics und Genomics ILVVortragende: FH-Prof.in Mag.a Dr.in Alexandra Graf, Lisa Tucek, BSc.2SWS4ECTSLehrinhalte1) Erarbeiten ausgewaehlter Kapitel der Bioinformatik (Next Generation Sequencing, ChIP-Seq, RNA-Seq) und 2) Anwendung entsprechender bioinformatischer Werkzeuge zur Analyse der assoziierten Daten 3) unter Verwendung von diverse script-Sprachen unter Linux (zBBash, AWK, Perl)Prüfungsmodus40 % Praktisch: Abgabe eines kurzen Programmes zur Lösung einer Aufgabe 60 % Theoretisch: Schriftliche PrüfungLehr- und Lernmethode- Einleitungen und Erklärungen (Vortrag) - Gemeinsame Übungen am ComputerSpracheDeutsch> Ausgewählte Themen der Bioinformatik SE Bioinformatik moreAusgewählte Themen der Bioinformatik SEVortragende: FH-Prof.in Mag.a Dr.in Alexandra Graf, DI (FH) Anton Grünberg1SWS2ECTSLehrinhalteDas Seminar soll den Studierenden einen Überblick über die unterschiedlichen Bereiche der Bioinformatik geben. Es werden Vortragende aus verschiedenen Arbeitsfeldern und Themengebieten eingeladen, die über ihre Erfahrungen und Projekte sprechen.PrüfungsmodusSchriftliche Prüfung am Ende der Veranstaltung.Lehr- und LernmethodeSeminarreihe Vorträge und DiskussionenSpracheDeutsch-Englisch> Datenanalyse Labor LB Bioinformatik moreDatenanalyse Labor LBVortragende: FH-Prof.in Mag.a Dr.in Alexandra Graf, Ing. DI (FH) Dr. Harald Kühnel, MSc, Katharina Seiberl, BSc MSc2SWS4ECTSLehrinhalteAls Vorbereitung wird ein Oxford Nanopore Datensatz analysiert und eine Analyseabfolge erarbeitet. Im Labor (wet lab) wird DNA einer Probe extrahiert und eine Sequenzierung durchgeführt. Die erzeugten Daten werden mit der erarbeiteten Analysemethode analysiert und interpretiert.PrüfungsmodusImmanente Leistungsüberprüfung, Standard (Protokoll der Ergebnisse der Übung)Lehr- und LernmethodeVortrag, praktische Übungen im wet-lab und in-silicoSpracheDeutsch> Vorbereitung auf die Masterarbeit SE Bioinformatik moreVorbereitung auf die Masterarbeit SEVortragende: FH-Prof.in Mag.a Dr.in Alexandra Graf0.5SWS1ECTSLehrinhalteForm und Merkmale der schriftlichen Darlegung der Masterarbeit (Diplomarbeit). Erarbeitung und Präsentation (Technik und Übung) ausgewählter Themen der Bioinformatik.Prüfungsmodus-Lehr- und LernmethodeVortrag - DiskussionSpracheDeutsch-Englisch> Bioinformatik ILV Molekulare Biotechnologie moreBioinformatik ILVVortragende: FH-Prof.in Mag.a Dr.in Alexandra Graf3SWS3ECTSLehrinhalteIn der Einführung wird besprochen was Bioinformatik ist und warum man heute Bioinformatik braucht. Die Studierenden werden in die Grundlagen der Programmierung eingeführt und können kleine Beispiele selbst ausprobieren. Es werden einzelne Themengebiete aufgegriffen und die bioinformatische Anwendungen durch diskutiert, die Themengebiete umfassen: - Warum hat sich Bioinformatik entwickelt, was ist Bioinformatik - Human Genome Projekt und seine Konsequenzen - Biologische Sequenzen, Sequenzvergleich und Datenbanksuche - Mustersuche - Sequenzstruktur und Strukturvorhersage - High Throughput Technologien und Datenanalyse Programmieren: - Praktische Beispiele in R und eine kurze Einführung in PythonPrüfungsmodusAbgabe der Übungen im Moodle sowie kurze multiple choice Tests im Moodle.Lehr- und LernmethodeVorlesung, Powerpoint Präsentation, Diskussion und selbständiges ausprobieren von Bioinformatik Tools und kleinen ProgrammenSpracheDeutsch-Englisch> Programmierung und Bioinformatik ILV Bioengineering moreProgrammierung und Bioinformatik ILVVortragende: FH-Prof.in Mag.a Dr.in Alexandra Graf, Eric Schinogl, BSc, Lisa Tucek, BSc.1SWS3.5ECTSLehrinhalte1. In der Einführung wird besprochen was Bioinformatik ist und warum man heute Bioinformatik braucht. Es werden einzelne Themengebiete aufgegriffen und die bioinformatische Anwendungen durchdiskutiert. 2. Es werden konzeptionelle Grundkonzepte von Programmiersprachen durchbesprochen und in kleinen praktischen Beispielen erarbeitet. Die spezifischen Themengebiete der Bioinformatik umfassen: - Warum hat sich Bioinformatik entwickelt, was ist Bioinformatik - Human Genome Projekt und seine Konsequenzen - Biologische Sequenzen, Sequenzvergleich und Datenbanksuche - Mustersuche - Sequenzstruktur und Strukturvorhersage - High Throughput Technologien und DatenanalysePrüfungsmodusMitarbeit bei den Übungen, kurzer Test am Ende der VorlesungLehr- und LernmethodeVorlesung, Powerpoint Präsentation, Diskussion und selbständiges ausprobieren von Bioinformatik Tools> Betreuung Bachelorarbeit 1 - BIF ILV Bioengineering moreBetreuung Bachelorarbeit 1 - BIF ILVVortragende: FH-Prof.in Mag.a Dr.in Alexandra Graf2SWS2ECTSLehrinhalteDie Lehrveranstaltung dient der Betreuung der schriftlichen Verfassung der Bachelorarbeit. Es wird der biologische Hintergrund des gewählten Themas aufgearbeitet und die Form der schriftlichen Arbeit besprochen.PrüfungsmodusAbschlusspräsentationLehr- und LernmethodeVortrag, DiskussionenSpracheDeutsch> Transcriptomics und Genomics Übung UE Bioinformatik moreTranscriptomics und Genomics Übung UEVortragende: FH-Prof.in Mag.a Dr.in Alexandra Graf, Lisa Tucek, BSc.1.5SWS3ECTSLehrinhalteDie Übung dient zur Festigung des in der Vorlesung Transcriptomics and Genomics erworbenem Wissen. Es werden Programmierbeispiele in Python und R, und Bash durchgeführt und mit Software zur Sequenzanalyse gearbeitet.PrüfungsmodusPractical examplesLehr- und LernmethodeMoodle, Linux Server, und BeispielskripteSpracheDeutschPublikationen An der FH Campus Wien verfasste Publikationen von Alexandra Graf finden Sie in unserer Publikationsdatenbank, ebenso die betreuten Abschlussarbeiten. Alle anderen Publikationen sind im Personal Webspace angeführt. Studiengänge Bioengineering Bachelor, berufsbegleitendmoreBioinformatik Masterstudium, berufsbegleitendmore Im Gespräch 7 Whatchado-Fragen an Alexandra Graf “Den Curriculum planen, Lektoren aussuchen, die Inhalte der Vorlesungen planen”, das ist nur ein Teilbereich von Alexandra Grafs Tätigkeit auf der FH Campus Wien, wo sie zur Forschung und Entwicklung Bioengineering beiträgt. Auch in der Bioinformatik ist sie nicht untätig: “Ich bekomm Daten von Gruppen, die in der Biotechnologie arbeiten, da geht’s z. B. darum DNA von Bakterien und Pilzen zu entschlüsseln.” FH-Prof.in Mag.a Dr.in Alexandra GrafForschung und Entwicklung
> Molekulare Genetik und Stammentwicklung VO Bioengineering moreMolekulare Genetik und Stammentwicklung VOVortragende: FH-Prof.in Mag.a Dr.in Alexandra Graf, Ing. DI (FH) Dr. Harald Kühnel, MSc2SWS4ECTSLehrinhalteVermittlung der Grundlagen der Molekularen Genetik: Woraus bestehen Lebewesen - was ist ihr Erbmaterial - aus welchen Kompartimenten – Strukturen? Wie werden diese Moleküle – Kompartimente – Strukturen an die Nachkommen weitergegeben? Wie wird die Information aus dem Genom in den Zellen umgesetzt? Wie sind die Prozesse „gesteuert“? Wodurch entstehen Unterschiede zwischen Arten oder Individuen? Wie erklärt man genetische – biologische Verwandtschaft auf molekularer Ebene? Grundlagen Teil Themen: - Geschichtlicher Zusammenhang - Genom, Transkriptom und Proteom - Unterschiede zwischen Eukaryoten, Prokaryoten, Archaea und Viren. - Replikation - Transkription - Translation - Mutationen und Rekombination Methoden die im Grundlagenteil behandelt werden: - SequenziertechnologiePrüfungsmodusschriftliche PrüfungLehr- und LernmethodeVorlesungSpracheDeutsch
> Bioinformatik VO Bioengineering moreBioinformatik VOVortragende: FH-Prof.in Mag.a Dr.in Alexandra Graf0.5SWS1ECTSLehrinhalteEinführung in die Arbeitsumgebung mit Linux, R und Python. Einführung in das Arbeiten mit einer Serverumgebung und den Konzepten der Versionskontrolle mit Git.PrüfungsmodusPraktische ÜbungenLehr- und LernmethodeVorlesung (Powerpointpräsentation) praktische Übungen am ComputerSpracheDeutsch
> Bioinformatische Datenanalyse (Statistik) UE Bioengineering moreBioinformatische Datenanalyse (Statistik) UEVortragende: FH-Prof.in Mag.a Dr.in Alexandra Graf1SWS2ECTSLehrinhalteEinführung in die Programmierung mit R und die Analyse von biologischen Datensätzen: R Themen: - Datentypen - Kontrollstrukturen - Funktionen - Pakete - PlotsPrüfungsmodusBeispiele in DataCamp und über MoodleLehr- und LernmethodeVorlesung und Übungen. Zugang zu DataCamp.SpracheDeutsch-Englisch
> Programmkonzeption, Programmierung, Automatisierun… Bioengineering moreProgrammkonzeption, Programmierung, Automatisierung, Bachelorarbeit 1 SEVortragende: DI Norbert Auer, FH-Prof.in Mag.a Dr.in Alexandra Graf5SWS10ECTSLehrinhalteDie Vorlesung dient zur Betreuung der Bachelorarbeit, die Inhalte richten sich nach dem ausgewählten Thema. Python (Norbert Auer): Es werden aufbauend auf den bisherigen Lehrveranstaltungen sämtliche wesentlichen Mechanismen der Programmierung in Python vorgestellt und anhand von praktischen Beispielen geübt, wie Funktionen, Klassenhierarchien, Polymorphismus, Exceptions, Module, und Dateiein/ausgabe.PrüfungsmodusDiesese Vorlesung dient als Grundlage für die auszuführende Bachelor-Arbeit und wird zusammen mit dieser beurteilt.Lehr- und LernmethodeVortrag & Dialog, Interaktives Arbeiten, Übungen am NotebookSpracheDeutsch
> Transcriptomics und Genomics ILV Bioinformatik moreTranscriptomics und Genomics ILVVortragende: FH-Prof.in Mag.a Dr.in Alexandra Graf, Lisa Tucek, BSc.2SWS4ECTSLehrinhalte1) Erarbeiten ausgewaehlter Kapitel der Bioinformatik (Next Generation Sequencing, ChIP-Seq, RNA-Seq) und 2) Anwendung entsprechender bioinformatischer Werkzeuge zur Analyse der assoziierten Daten 3) unter Verwendung von diverse script-Sprachen unter Linux (zBBash, AWK, Perl)Prüfungsmodus40 % Praktisch: Abgabe eines kurzen Programmes zur Lösung einer Aufgabe 60 % Theoretisch: Schriftliche PrüfungLehr- und Lernmethode- Einleitungen und Erklärungen (Vortrag) - Gemeinsame Übungen am ComputerSpracheDeutsch
> Ausgewählte Themen der Bioinformatik SE Bioinformatik moreAusgewählte Themen der Bioinformatik SEVortragende: FH-Prof.in Mag.a Dr.in Alexandra Graf, DI (FH) Anton Grünberg1SWS2ECTSLehrinhalteDas Seminar soll den Studierenden einen Überblick über die unterschiedlichen Bereiche der Bioinformatik geben. Es werden Vortragende aus verschiedenen Arbeitsfeldern und Themengebieten eingeladen, die über ihre Erfahrungen und Projekte sprechen.PrüfungsmodusSchriftliche Prüfung am Ende der Veranstaltung.Lehr- und LernmethodeSeminarreihe Vorträge und DiskussionenSpracheDeutsch-Englisch
> Datenanalyse Labor LB Bioinformatik moreDatenanalyse Labor LBVortragende: FH-Prof.in Mag.a Dr.in Alexandra Graf, Ing. DI (FH) Dr. Harald Kühnel, MSc, Katharina Seiberl, BSc MSc2SWS4ECTSLehrinhalteAls Vorbereitung wird ein Oxford Nanopore Datensatz analysiert und eine Analyseabfolge erarbeitet. Im Labor (wet lab) wird DNA einer Probe extrahiert und eine Sequenzierung durchgeführt. Die erzeugten Daten werden mit der erarbeiteten Analysemethode analysiert und interpretiert.PrüfungsmodusImmanente Leistungsüberprüfung, Standard (Protokoll der Ergebnisse der Übung)Lehr- und LernmethodeVortrag, praktische Übungen im wet-lab und in-silicoSpracheDeutsch
> Vorbereitung auf die Masterarbeit SE Bioinformatik moreVorbereitung auf die Masterarbeit SEVortragende: FH-Prof.in Mag.a Dr.in Alexandra Graf0.5SWS1ECTSLehrinhalteForm und Merkmale der schriftlichen Darlegung der Masterarbeit (Diplomarbeit). Erarbeitung und Präsentation (Technik und Übung) ausgewählter Themen der Bioinformatik.Prüfungsmodus-Lehr- und LernmethodeVortrag - DiskussionSpracheDeutsch-Englisch
> Bioinformatik ILV Molekulare Biotechnologie moreBioinformatik ILVVortragende: FH-Prof.in Mag.a Dr.in Alexandra Graf3SWS3ECTSLehrinhalteIn der Einführung wird besprochen was Bioinformatik ist und warum man heute Bioinformatik braucht. Die Studierenden werden in die Grundlagen der Programmierung eingeführt und können kleine Beispiele selbst ausprobieren. Es werden einzelne Themengebiete aufgegriffen und die bioinformatische Anwendungen durch diskutiert, die Themengebiete umfassen: - Warum hat sich Bioinformatik entwickelt, was ist Bioinformatik - Human Genome Projekt und seine Konsequenzen - Biologische Sequenzen, Sequenzvergleich und Datenbanksuche - Mustersuche - Sequenzstruktur und Strukturvorhersage - High Throughput Technologien und Datenanalyse Programmieren: - Praktische Beispiele in R und eine kurze Einführung in PythonPrüfungsmodusAbgabe der Übungen im Moodle sowie kurze multiple choice Tests im Moodle.Lehr- und LernmethodeVorlesung, Powerpoint Präsentation, Diskussion und selbständiges ausprobieren von Bioinformatik Tools und kleinen ProgrammenSpracheDeutsch-Englisch
> Programmierung und Bioinformatik ILV Bioengineering moreProgrammierung und Bioinformatik ILVVortragende: FH-Prof.in Mag.a Dr.in Alexandra Graf, Eric Schinogl, BSc, Lisa Tucek, BSc.1SWS3.5ECTSLehrinhalte1. In der Einführung wird besprochen was Bioinformatik ist und warum man heute Bioinformatik braucht. Es werden einzelne Themengebiete aufgegriffen und die bioinformatische Anwendungen durchdiskutiert. 2. Es werden konzeptionelle Grundkonzepte von Programmiersprachen durchbesprochen und in kleinen praktischen Beispielen erarbeitet. Die spezifischen Themengebiete der Bioinformatik umfassen: - Warum hat sich Bioinformatik entwickelt, was ist Bioinformatik - Human Genome Projekt und seine Konsequenzen - Biologische Sequenzen, Sequenzvergleich und Datenbanksuche - Mustersuche - Sequenzstruktur und Strukturvorhersage - High Throughput Technologien und DatenanalysePrüfungsmodusMitarbeit bei den Übungen, kurzer Test am Ende der VorlesungLehr- und LernmethodeVorlesung, Powerpoint Präsentation, Diskussion und selbständiges ausprobieren von Bioinformatik Tools
> Betreuung Bachelorarbeit 1 - BIF ILV Bioengineering moreBetreuung Bachelorarbeit 1 - BIF ILVVortragende: FH-Prof.in Mag.a Dr.in Alexandra Graf2SWS2ECTSLehrinhalteDie Lehrveranstaltung dient der Betreuung der schriftlichen Verfassung der Bachelorarbeit. Es wird der biologische Hintergrund des gewählten Themas aufgearbeitet und die Form der schriftlichen Arbeit besprochen.PrüfungsmodusAbschlusspräsentationLehr- und LernmethodeVortrag, DiskussionenSpracheDeutsch
> Transcriptomics und Genomics Übung UE Bioinformatik moreTranscriptomics und Genomics Übung UEVortragende: FH-Prof.in Mag.a Dr.in Alexandra Graf, Lisa Tucek, BSc.1.5SWS3ECTSLehrinhalteDie Übung dient zur Festigung des in der Vorlesung Transcriptomics and Genomics erworbenem Wissen. Es werden Programmierbeispiele in Python und R, und Bash durchgeführt und mit Software zur Sequenzanalyse gearbeitet.PrüfungsmodusPractical examplesLehr- und LernmethodeMoodle, Linux Server, und BeispielskripteSpracheDeutsch