FH-Prof.in Mag.a Dr.in Alexandra Graf Forschung und Entwicklung alexandra.graf@fh-campuswien.ac.at T: +43 1 606 68 77-3612 F: +43 1 606 68 77-3609 Muthgasse 62 1190 Wien Lehrveranstaltungen 2017/18 Applied Life Sciences > Bioinformatik ILVMolekulare Biotechnologiemore Bioinformatik ILV Vortragende: Samuel Gerner, FH-Prof.in Mag.a Dr.in Alexandra Graf, Anna Tomaselli, BSc 3 SWS 3 ECTS Lehrinhalte In der Einführung wird besprochen was Bioinformatik ist und warum man heute Bioinformatik braucht. Die Studierenden werden in die Grundlagen der Programmierung eingeführt und können kleine Beispiele selbst ausprobieren.Es werden einzelne Themengebiete aufgegriffen und die bioinformatische Anwendungen durch diskutiert, die Themengebiete umfassen:- Warum hat sich Bioinformatik entwickelt, was ist Bioinformatik- Human Genome Projekt und seine Konsequenzen- Biologische Sequenzen, Sequenzvergleich und Datenbanksuche- Mustersuche- Sequenzstruktur und Strukturvorhersage - High Throughput Technologien und Datenanalyse Prüfungsmodus Abgabe der Übungen im Moodle sowie kurze multiple choice Tests im Moodle. Lehr- und Lernmethode Vorlesung, Powerpoint Präsentation, Diskussion und selbständiges ausprobieren von Bioinformatik Tools und kleinen Programmen Sprache Deutsch > Bioinformatik VOBioengineeringmore Bioinformatik VO Vortragende: FH-Prof.in Mag.a Dr.in Alexandra Graf, Anna Tomaselli, BSc 0.5 SWS 1 ECTS Lehrinhalte Beispielhaft werden algorithmische Grundkonzepte in der Bioinformatik druchgesprochen und praktisch ausprobiert- Umgang mit Sequenzen als Daten- Erzeugung von phylogenetischen Bäumen- Hidden Markov Modelle Prüfungsmodus Praktische Programmieraufgabe Lehr- und Lernmethode Vorlesung (Powerpointpräsentation)praktische Übungen am Computer Sprache Deutsch > Biotechnologisches Seminar UEBioinformatikmore Biotechnologisches Seminar UE Vortragende: FH-Prof.in Mag.a Dr.in Alexandra Graf, FH-Prof. DI Dr. Michael Maurer 0.5 SWS 1 ECTS Lehrinhalte Als Beispiel aus der Biotechnologie werden die Studierenden im gärungstechnischen Labor an der Umsetzung eines Bierrezepts arbeiten. Die Studierenden bekommen eine Einführung in das Thema und können sich mit Automatisierungslösungen (Brew Pie - Rasberry Pie) und Datenerfassung praktisch auseinandersetzen. Zu den Tätigkeiten im Labor werden die Studierenden Labels für ihr Bier designen und eine Webseite erzeugen auf der die bearbeiteten Rezepte zu sehen sind.Die Studierenden werden in Gruppen von 3-4 Personen arbeiten. Prüfungsmodus Die Mitarbeit im gärungstechnischen Labor sowie beim Design und der umsetzung der Webseite wird benotet. Lehr- und Lernmethode Vortrag, praktische Labor Übung Sprache Deutsch > Metagenomanalyse VO+UEBioinformatikmore Metagenomanalyse VO+UE Vortragende: FH-Prof.in Mag.a Dr.in Alexandra Graf 1 SWS 2 ECTS Lehrinhalte Einführung in die Erzeugung und Analyse von Metagenom/Mikrobiom Daten. Prüfungsmodus Präsentation eines praktischen Beispiels. Lehr- und Lernmethode Vortrag, Diskussion und praktisches Beispiel. Publikationen > Curation of the genome annotation of Pichia pastoris (Komagataella phaffii) CBS7435 from gene level to protein function 2016 // Valli Minoska, Tatto Nadine E., Peymann Armin, Gruber Clemens, Landes Nils, Ekker Heinz, Thallinger Gerhard G., Mattanovich Diethard, Gasser Brigitte, Graf Alexandra B., Nielsen Jens Beitrag in einer Fachzeitschrift > Pichia pastoris Exhibits High Viability and a Low Maintenance Energy Requirement at Near-Zero Specific Growth Rates 2016 // Rebnegger Corinna, Vos Tim, Graf Alexandra B., Valli Minoska, Pronk Jack T., Daran-Lapujade Pascale, Mattanovich Diethard Beitrag in einer Fachzeitschrift > Systems-level organization of yeast methylotrophic lifestyle 2015 // Rußmayer Hannes, Buchetics Markus, Gruber Clemens, Valli Minoska, Grillitsch Katlheinz, Modarres Gerda, Guerrasio Raffaele, Klavins Kristaps, Neubauer Stefan, Drexler Hedda, Steiger Matthias, Troyer Christina, Al Chalabi Ali, Krebiehl Guido, Sonntag Denise, Zellnig Günther, Daum Günther, Graf Alexandra B., Altmann Friedrich, Koellensperger Gunda, Hann Stephan, Sauer Michael, Mattanovich Diethard, Gasser Brigitte Beitrag in einer Fachzeitschrift > In Pichia pastoris, growth rate regulates protein synthesis and secretion, mating, and stress response 2014 // Rebnegger Corinna, Graf Alexandra B., Valli Minoska, Steiger Matthias, Gasser Brigitte, Maurer Michael, Mattanovich Diethard Beitrag in einer Fachzeitschrift > Prediction of transcribed PIWI-interacting RNAs from CHO RNAseq data 2013 // Gerstl Matthias Peter, Hackl Matthias, Graf Alexandra B., Borth Nicole, Grillari Johannes Beitrag in einer Fachzeitschrift > The secretory pathway: exploring yeast diversity 2013 // Delic Marizela, Valli Minoska, Graf Alexandra B., Pfeffer Martin, Mattanovich Diethard, Gasser Brigitte Beitrag in einer Fachzeitschrift > Genome sequence of the ruminal bacterium Megasphaera elsdenii 2011 // Marx Hans, Graf Alexandra B., Tatto Nadine E., Thallinger Gerhard G., Mattanovich Diethard, Sauer Michael Beitrag in einer Fachzeitschrift > Modeling and measuring intracellular fluxes of secreted recombinant protein in Pichia pastoris with a novel 34S labeling procedure 2011 // Pfeffer Martin, Maurer Michael, Köllensperger Gunda, Hann Stephan, Graf Alexandra B., Mattanovich Diethard Beitrag in einer Fachzeitschrift > The impact of oxygen on the transcriptome of recombinant S. cerevisiae and P. pastoris - a comparative analysis 2011 // Baumann Kristin, Dato Laura, Graf Alexandra B., Frascotti Gianni, Dragosits Martin, Porro Danilo, Mattanovich Diethard, Ferrer Pau, Branduardi Paola Beitrag in einer Fachzeitschrift > The Pichia pastoris genome browser 2011 // Tatto Nadine, Redl Andreas, Graf Alexandra B., Mattanovich DiethardFH Campus Wien Beitrag in einem Tagungsband/Proceedingband > A multi-level study of recombinant Pichia pastoris in different oxygen conditions 2010 // Baumann Kristin, Carnicer Marc, Dragosits Martin, Graf Alexandra B., Stadlmann Johannes, Jouhten Paula, Maaheimo Hannu, Gasser Brigitte, Albiol Joan, Mattanovich Diethard, Ferrer Pau Beitrag in einer Fachzeitschrift > Genome-scale metabolic model of methylotrophic yeast Pichia pastoris and its use for in silico analysis of heterologous protein production 2010 // Sohn Seung Bum, Graf Alexandra B., Kim Tae Yong, Gasser Brigitte, Maurer Michael, Ferrer Pau, Mattanovich Diethard, Lee Sang Yup Beitrag in einer Fachzeitschrift > The response to unfolded protein is involved in osmotolerance of Pichia pastoris 2010 // Dragosits Martin, Stadlmann Johannes, Graf Alexandra B., Gasser Brigitte, Maurer Michael, Sauer M., Kreil David P., Altmann Friedrich, Mattanovich Diethard Beitrag in einer Fachzeitschrift > Genome, secretome and glucose transport highlight unique features of the protein production host Pichia pastoris 2009 // Mattanovich Diethard, Graf Alexandra B., Stadlmann Johannes, Dragosits Martin, Redl Andreas, Maurer Michael, Kleinheinz Martin, Sauer Michael, Altmann Friedrich, Gasser Brigitte Beitrag in einer Fachzeitschrift > Open access to sequence: browsing the Pichia pastoris genome 2009 // Mattanovich Diethard, Callewaert Nico, Rouze Pierre, Lin Yao-Cheng, Graf Alexandra B., Redl Andreas, Tiels Petra, Gasser Brigitte, De Schutter Kristof Beitrag in einer Fachzeitschrift > Yeast systems biotechnology for the production of heterologous proteins 2009 // Graf Alexandra B., Dragosits Martin, Gasser Brigitte, Mattanovich Diethard Beitrag in einer Fachzeitschrift > BibGlimpse: The case for a light-weight reprint manager in distributed literature research 2008 // Tüchler Thomas, Velez Golda, Graf Alexandra B., Kreil David Philipp Beitrag in einer Fachzeitschrift > Novel insights into the unfolded protein response using Pichia pastoris specific DNA microarrays 2008 // Graf Alexandra B., Gasser Brigitte, Dragosits Martin, Sauer Michael, Leparc Germán G., Tüchler Thomas, Kreil David P., Mattanovich Diethard Beitrag in einer Fachzeitschrift Studiengänge Bioengineering Bachelor, berufsbegleitend more Bioinformatik Masterstudium, berufsbegleitend more Im Gespräch 7 Whatchado-Fragen an Alexandra Graf “Den Curriculum planen, Lektoren aussuchen, die Inhalte der Vorlesungen planen”, das ist nur ein Teilbereich von Alexandra Grafs Tätigkeit auf der FH Campus Wien, wo sie zur Forschung und Entwicklung Bioengineering beiträgt. Auch in der Bioinformatik ist sie nicht untätig: “Ich bekomm Daten von Gruppen, die in der Biotechnologie arbeiten, da geht’s z. B. darum DNA von Bakterien und Pilzen zu entschlüsseln.”FH-Prof.in Mag.a Dr.in Alexandra GrafForschung und Entwicklung
> Bioinformatik ILVMolekulare Biotechnologiemore Bioinformatik ILV Vortragende: Samuel Gerner, FH-Prof.in Mag.a Dr.in Alexandra Graf, Anna Tomaselli, BSc 3 SWS 3 ECTS Lehrinhalte In der Einführung wird besprochen was Bioinformatik ist und warum man heute Bioinformatik braucht. Die Studierenden werden in die Grundlagen der Programmierung eingeführt und können kleine Beispiele selbst ausprobieren.Es werden einzelne Themengebiete aufgegriffen und die bioinformatische Anwendungen durch diskutiert, die Themengebiete umfassen:- Warum hat sich Bioinformatik entwickelt, was ist Bioinformatik- Human Genome Projekt und seine Konsequenzen- Biologische Sequenzen, Sequenzvergleich und Datenbanksuche- Mustersuche- Sequenzstruktur und Strukturvorhersage - High Throughput Technologien und Datenanalyse Prüfungsmodus Abgabe der Übungen im Moodle sowie kurze multiple choice Tests im Moodle. Lehr- und Lernmethode Vorlesung, Powerpoint Präsentation, Diskussion und selbständiges ausprobieren von Bioinformatik Tools und kleinen Programmen Sprache Deutsch
> Bioinformatik VOBioengineeringmore Bioinformatik VO Vortragende: FH-Prof.in Mag.a Dr.in Alexandra Graf, Anna Tomaselli, BSc 0.5 SWS 1 ECTS Lehrinhalte Beispielhaft werden algorithmische Grundkonzepte in der Bioinformatik druchgesprochen und praktisch ausprobiert- Umgang mit Sequenzen als Daten- Erzeugung von phylogenetischen Bäumen- Hidden Markov Modelle Prüfungsmodus Praktische Programmieraufgabe Lehr- und Lernmethode Vorlesung (Powerpointpräsentation)praktische Übungen am Computer Sprache Deutsch
> Biotechnologisches Seminar UEBioinformatikmore Biotechnologisches Seminar UE Vortragende: FH-Prof.in Mag.a Dr.in Alexandra Graf, FH-Prof. DI Dr. Michael Maurer 0.5 SWS 1 ECTS Lehrinhalte Als Beispiel aus der Biotechnologie werden die Studierenden im gärungstechnischen Labor an der Umsetzung eines Bierrezepts arbeiten. Die Studierenden bekommen eine Einführung in das Thema und können sich mit Automatisierungslösungen (Brew Pie - Rasberry Pie) und Datenerfassung praktisch auseinandersetzen. Zu den Tätigkeiten im Labor werden die Studierenden Labels für ihr Bier designen und eine Webseite erzeugen auf der die bearbeiteten Rezepte zu sehen sind.Die Studierenden werden in Gruppen von 3-4 Personen arbeiten. Prüfungsmodus Die Mitarbeit im gärungstechnischen Labor sowie beim Design und der umsetzung der Webseite wird benotet. Lehr- und Lernmethode Vortrag, praktische Labor Übung Sprache Deutsch
> Metagenomanalyse VO+UEBioinformatikmore Metagenomanalyse VO+UE Vortragende: FH-Prof.in Mag.a Dr.in Alexandra Graf 1 SWS 2 ECTS Lehrinhalte Einführung in die Erzeugung und Analyse von Metagenom/Mikrobiom Daten. Prüfungsmodus Präsentation eines praktischen Beispiels. Lehr- und Lernmethode Vortrag, Diskussion und praktisches Beispiel.
> Curation of the genome annotation of Pichia pastoris (Komagataella phaffii) CBS7435 from gene level to protein function 2016 // Valli Minoska, Tatto Nadine E., Peymann Armin, Gruber Clemens, Landes Nils, Ekker Heinz, Thallinger Gerhard G., Mattanovich Diethard, Gasser Brigitte, Graf Alexandra B., Nielsen Jens Beitrag in einer Fachzeitschrift
> Pichia pastoris Exhibits High Viability and a Low Maintenance Energy Requirement at Near-Zero Specific Growth Rates 2016 // Rebnegger Corinna, Vos Tim, Graf Alexandra B., Valli Minoska, Pronk Jack T., Daran-Lapujade Pascale, Mattanovich Diethard Beitrag in einer Fachzeitschrift
> Systems-level organization of yeast methylotrophic lifestyle 2015 // Rußmayer Hannes, Buchetics Markus, Gruber Clemens, Valli Minoska, Grillitsch Katlheinz, Modarres Gerda, Guerrasio Raffaele, Klavins Kristaps, Neubauer Stefan, Drexler Hedda, Steiger Matthias, Troyer Christina, Al Chalabi Ali, Krebiehl Guido, Sonntag Denise, Zellnig Günther, Daum Günther, Graf Alexandra B., Altmann Friedrich, Koellensperger Gunda, Hann Stephan, Sauer Michael, Mattanovich Diethard, Gasser Brigitte Beitrag in einer Fachzeitschrift
> In Pichia pastoris, growth rate regulates protein synthesis and secretion, mating, and stress response 2014 // Rebnegger Corinna, Graf Alexandra B., Valli Minoska, Steiger Matthias, Gasser Brigitte, Maurer Michael, Mattanovich Diethard Beitrag in einer Fachzeitschrift
> Prediction of transcribed PIWI-interacting RNAs from CHO RNAseq data 2013 // Gerstl Matthias Peter, Hackl Matthias, Graf Alexandra B., Borth Nicole, Grillari Johannes Beitrag in einer Fachzeitschrift
> The secretory pathway: exploring yeast diversity 2013 // Delic Marizela, Valli Minoska, Graf Alexandra B., Pfeffer Martin, Mattanovich Diethard, Gasser Brigitte Beitrag in einer Fachzeitschrift
> Genome sequence of the ruminal bacterium Megasphaera elsdenii 2011 // Marx Hans, Graf Alexandra B., Tatto Nadine E., Thallinger Gerhard G., Mattanovich Diethard, Sauer Michael Beitrag in einer Fachzeitschrift
> Modeling and measuring intracellular fluxes of secreted recombinant protein in Pichia pastoris with a novel 34S labeling procedure 2011 // Pfeffer Martin, Maurer Michael, Köllensperger Gunda, Hann Stephan, Graf Alexandra B., Mattanovich Diethard Beitrag in einer Fachzeitschrift
> The impact of oxygen on the transcriptome of recombinant S. cerevisiae and P. pastoris - a comparative analysis 2011 // Baumann Kristin, Dato Laura, Graf Alexandra B., Frascotti Gianni, Dragosits Martin, Porro Danilo, Mattanovich Diethard, Ferrer Pau, Branduardi Paola Beitrag in einer Fachzeitschrift
> The Pichia pastoris genome browser 2011 // Tatto Nadine, Redl Andreas, Graf Alexandra B., Mattanovich DiethardFH Campus Wien Beitrag in einem Tagungsband/Proceedingband
> A multi-level study of recombinant Pichia pastoris in different oxygen conditions 2010 // Baumann Kristin, Carnicer Marc, Dragosits Martin, Graf Alexandra B., Stadlmann Johannes, Jouhten Paula, Maaheimo Hannu, Gasser Brigitte, Albiol Joan, Mattanovich Diethard, Ferrer Pau Beitrag in einer Fachzeitschrift
> Genome-scale metabolic model of methylotrophic yeast Pichia pastoris and its use for in silico analysis of heterologous protein production 2010 // Sohn Seung Bum, Graf Alexandra B., Kim Tae Yong, Gasser Brigitte, Maurer Michael, Ferrer Pau, Mattanovich Diethard, Lee Sang Yup Beitrag in einer Fachzeitschrift
> The response to unfolded protein is involved in osmotolerance of Pichia pastoris 2010 // Dragosits Martin, Stadlmann Johannes, Graf Alexandra B., Gasser Brigitte, Maurer Michael, Sauer M., Kreil David P., Altmann Friedrich, Mattanovich Diethard Beitrag in einer Fachzeitschrift
> Genome, secretome and glucose transport highlight unique features of the protein production host Pichia pastoris 2009 // Mattanovich Diethard, Graf Alexandra B., Stadlmann Johannes, Dragosits Martin, Redl Andreas, Maurer Michael, Kleinheinz Martin, Sauer Michael, Altmann Friedrich, Gasser Brigitte Beitrag in einer Fachzeitschrift
> Open access to sequence: browsing the Pichia pastoris genome 2009 // Mattanovich Diethard, Callewaert Nico, Rouze Pierre, Lin Yao-Cheng, Graf Alexandra B., Redl Andreas, Tiels Petra, Gasser Brigitte, De Schutter Kristof Beitrag in einer Fachzeitschrift
> Yeast systems biotechnology for the production of heterologous proteins 2009 // Graf Alexandra B., Dragosits Martin, Gasser Brigitte, Mattanovich Diethard Beitrag in einer Fachzeitschrift
> BibGlimpse: The case for a light-weight reprint manager in distributed literature research 2008 // Tüchler Thomas, Velez Golda, Graf Alexandra B., Kreil David Philipp Beitrag in einer Fachzeitschrift
> Novel insights into the unfolded protein response using Pichia pastoris specific DNA microarrays 2008 // Graf Alexandra B., Gasser Brigitte, Dragosits Martin, Sauer Michael, Leparc Germán G., Tüchler Thomas, Kreil David P., Mattanovich Diethard Beitrag in einer Fachzeitschrift