FH-Prof.in Mag.a Dr.in Alexandra Graf Forschung und Entwicklung alexandra.graf@fh-campuswien.ac.at T: +43 1 606 68 77-3602 F: +43 1 606 68 77-3609 Muthgasse 62 1190 Wien Persönlicher Webspace Lehrveranstaltungen 2018/19 Applied Life Sciences > Ausgewählte Themen der Bioinformatik SEBioinformatikmore Ausgewählte Themen der Bioinformatik SE Vortragende: FH-Prof.in Mag.a Dr.in Alexandra Graf, DI (FH) Anton Grünberg, DI Dr. nat. techn. Matthias Hackl 1 SWS 2 ECTS Lehrinhalte Das Seminar soll den Studierenden einen Überblick über die unterschiedlichen Bereiche der Bioinformatik geben. Es werden Vortragende aus verschiedenen Arbeitsfeldern und Themengebieten eingeladen, die über ihre Erfahrungen und Projekte sprechen. Prüfungsmodus Schriftliche Prüfung am Ende der Veranstaltung. Lehr- und Lernmethode SeminarreiheVorträge und Diskussionen Sprache Deutsch-Englisch > Betreuung Bachelorarbeit 1 - BIF VO+UEBioengineeringmore Betreuung Bachelorarbeit 1 - BIF VO+UE Vortragende: FH-Prof.in Mag.a Dr.in Alexandra Graf, Anna Tomaselli, BSc 2 SWS 2 ECTS Lehrinhalte Die Lehrveranstaltung dient der Betreuung der schriftlichen Verfassung der Bachelorarbeit. Es wird der biologische Hintergrund des gewählten Themas aufgearbeitet und die Form der schriftlichen Arbeit besprochen. Prüfungsmodus Abschlusspräsentation Lehr- und Lernmethode Vortrag, Diskussionen Sprache Deutsch > Bioinformatik ILVMolekulare Biotechnologiemore Bioinformatik ILV Vortragende: Samuel Gerner, FH-Prof.in Mag.a Dr.in Alexandra Graf, Anna Tomaselli, BSc 3 SWS 3 ECTS Lehrinhalte In der Einführung wird besprochen was Bioinformatik ist und warum man heute Bioinformatik braucht. Die Studierenden werden in die Grundlagen der Programmierung eingeführt und können kleine Beispiele selbst ausprobieren.Es werden einzelne Themengebiete aufgegriffen und die bioinformatische Anwendungen durch diskutiert, die Themengebiete umfassen:- Warum hat sich Bioinformatik entwickelt, was ist Bioinformatik- Human Genome Projekt und seine Konsequenzen- Biologische Sequenzen, Sequenzvergleich und Datenbanksuche- Mustersuche- Sequenzstruktur und Strukturvorhersage - High Throughput Technologien und Datenanalyse Prüfungsmodus Abgabe der Übungen im Moodle sowie kurze multiple choice Tests im Moodle. Lehr- und Lernmethode Vorlesung, Powerpoint Präsentation, Diskussion und selbständiges ausprobieren von Bioinformatik Tools und kleinen Programmen Sprache Deutsch-Englisch > Bioinformatik VOBioengineeringmore Bioinformatik VO Vortragende: FH-Prof.in Mag.a Dr.in Alexandra Graf 0.5 SWS 1 ECTS Lehrinhalte Beispielhaft werden algorithmische Grundkonzepte in der Bioinformatik druchgesprochen und praktisch ausprobiert- Umgang mit Sequenzen als Daten- Erzeugung von phylogenetischen Bäumen- Hidden Markov Modelle Prüfungsmodus Praktische Programmieraufgabe Lehr- und Lernmethode Vorlesung (Powerpointpräsentation)praktische Übungen am Computer Sprache Deutsch > Molekulare Genetik und Stammentwicklung VOBioengineeringmore Molekulare Genetik und Stammentwicklung VO Vortragende: FH-Prof.in Mag.a Dr.in Alexandra Graf, Mag.a Elisabeth Malle, PhD 2 SWS 4 ECTS Lehrinhalte Vermittlung der Grundlagen der Molekularen Genetik: Woraus bestehen Lebewesen – biochemisch - aus welchen Molekülen - aus welchen Kompartimenten – Strukturen?Wie werden diese Moleküle – Kompartimente – Strukturen an die Nachkommen weitergegeben?Wie funktionieren Lebewesen auf chemisch-physikalischer Ebene?Wie wird das Leben „gesteuert“?Inwieweit sind die Nachkommen identisch, bzw. wie unterschieden sie sich von den Eltern?Wie erklärt man genetische – biologische Verwandtschaft auf molekularer Ebene?Vermittlung der Grundlagen der rekombinanten DNA-Technologie:Enzymatische Modifikation der DNAVervielfältigung der DNA - Polymerase Chain Reaction (PCR)Genexpression und DNA-KlonierungGentransfer in die WirtszelleIsolierung von genomischer und Plasmid-DNABakteriophagen - Biologie und ApplikationQualitative und quantitative analytische MethodenHybridisierung und Blotting TechnikenDNA-Rekombination und deren spezielle AnwendungenExpressions-/Wirt-/VektorsystemeGenomics und Proteomics Prüfungsmodus schriftliche Prüfung Lehr- und Lernmethode Vorlesung Sprache Deutsch > Programmierung und Bioinformatik VO+UEBioengineeringmore Programmierung und Bioinformatik VO+UE Vortragende: FH-Prof.in Mag.a Dr.in Alexandra Graf, Anna Tomaselli, BSc 1 SWS 3.5 ECTS Lehrinhalte 1. In der Einführung wird besprochen was Bioinformatik ist und warum man heute Bioinformatik braucht. Es werden einzelne Themengebiete aufgegriffen und die bioinformatische Anwendungen durchdiskutiert. 2. Es werden konzeptionelle Grundkonzepte von Programmiersprachen durchbesprochen und in kleinen praktischen Beispielen erarbeitet.Die spezifischen Themengebiete der Bioinformatik umfassen:- Warum hat sich Bioinformatik entwickelt, was ist Bioinformatik- Human Genome Projekt und seine Konsequenzen- Biologische Sequenzen, Sequenzvergleich und Datenbanksuche- Mustersuche- Sequenzstruktur und Strukturvorhersage - High Throughput Technologien und Datenanalyse Prüfungsmodus Mitarbeit bei den Übungen, kurzer Test am Ende der Vorlesung Lehr- und Lernmethode Vorlesung, Powerpoint Präsentation, Diskussion und selbständiges ausprobieren von Bioinformatik Tools > Programmkonzeption, Programmierung, Automatisierun...Bioengineeringmore Programmkonzeption, Programmierung, Automatisierung, Bachelorarbeit 1 SE Vortragende: DI Norbert Auer, Dr. Matthias Gerstl, FH-Prof.in Mag.a Dr.in Alexandra Graf, Anna Tomaselli, BSc 5 SWS 10 ECTS Lehrinhalte Die Vorlesung dient zur Betreuung der Bachelorarbeit, die Inhalte richten sich nach dem ausgewählten Thema.Python (Norbert Auer):Es werden aufbauend auf den bisherigen Lehrveranstaltungen sämtliche wesentlichen Mechanismen der Programmierung in Python vorgestellt und anhand von praktischen Beispielen geübt, wie Funktionen, Klassenhierarchien, Polymorphismus, Exceptions, Module, und Dateiein/ausgabe. Prüfungsmodus Diesese Vorlesung dient als Grundlage für die auszuführende Bachelor-Arbeit und wird zusammen mit dieser beurteilt. Lehr- und Lernmethode Vortrag & Dialog,Interaktives Arbeiten,Übungen am Notebook Sprache Deutsch > Sequenzvergleich und Funktionsvorhersage VOBioinformatikmore Sequenzvergleich und Funktionsvorhersage VO Vortragende: FH-Prof.in Mag.a Dr.in Alexandra Graf 1 SWS 2 ECTS Lehrinhalte In der Lehrveranstaltung beschäftigen wir uns mit der Analyse von Sequenzen. Ausgehend von einer Genomsequenz werden wir versuchen zu einer funktionellen Annotation des Organismus zu gelangen. In diesem Prozess werden wir verschiedene bioinformatische Programme verwenden und eigene Skripts schreiben. Prüfungsmodus Die Note wird zu 30% aus der Mitarbeit und den Übungsbeispielen und zu 70% aus der Abschlussprüfung errechnet. Lehr- und Lernmethode Powerpoint Vortrag, selbständiges Erarbeiten von Beispielen am PC, Diskussionen. Sprache Deutsch > Transcriptomics und Genomics VO+UEBioinformatikmore Transcriptomics und Genomics VO+UE Vortragende: FH-Prof.in Mag.a Dr.in Alexandra Graf, Dr.rer.nat. Markus Jaritz, Anna Tomaselli, BSc 1.5 SWS 3 ECTS Lehrinhalte 1) Erarbeiten ausgewaehlter Kapitel der Bioinformatik (Next Generation Sequencing, ChIP-Seq, RNA-Seq) und2) Anwendung entsprechender bioinformatischer Werkzeuge zur Analyse der assoziierten Daten3) unter Verwendung von diverse script-Sprachen unter Linux (zBBash, AWK, Perl) Prüfungsmodus 40 % Praktisch: Abgabe eines kurzen Programmes zur Lösung einer Aufgabe60 % Theoretisch: Schriftliche Prüfung Lehr- und Lernmethode - Einleitungen und Erklärungen (Vortrag)- Gemeinsame Übungen am Computer Sprache Deutsch > Vorbereitung auf die Masterarbeit SEBioinformatikmore Vorbereitung auf die Masterarbeit SE Vortragende: FH-Prof.in Mag.a Dr.in Alexandra Graf 0.5 SWS 1 ECTS Lehrinhalte Form und Merkmale der schriftlichen Darlegung der Masterarbeit (Diplomarbeit). Erarbeitung und Präsentation (Technik und Übung) ausgewählter Themen der Bioinformatik. Prüfungsmodus - Lehr- und Lernmethode Vortrag - Diskussion Sprache Deutsch-Englisch PublikationenAn der FH Campus Wien verfasste Publikationen von Alexandra Graf finden Sie in unserer Publikationsdatenbank, ebenso die betreuten Abschlussarbeiten. Alle anderen Publikationen sind im Personal Webspace angeführt. Studiengänge Bioengineering Bachelor, berufsbegleitend more Bioinformatik Masterstudium, berufsbegleitend more Im Gespräch 7 Whatchado-Fragen an Alexandra Graf “Den Curriculum planen, Lektoren aussuchen, die Inhalte der Vorlesungen planen”, das ist nur ein Teilbereich von Alexandra Grafs Tätigkeit auf der FH Campus Wien, wo sie zur Forschung und Entwicklung Bioengineering beiträgt. Auch in der Bioinformatik ist sie nicht untätig: “Ich bekomm Daten von Gruppen, die in der Biotechnologie arbeiten, da geht’s z. B. darum DNA von Bakterien und Pilzen zu entschlüsseln.”FH-Prof.in Mag.a Dr.in Alexandra GrafForschung und Entwicklung
> Ausgewählte Themen der Bioinformatik SEBioinformatikmore Ausgewählte Themen der Bioinformatik SE Vortragende: FH-Prof.in Mag.a Dr.in Alexandra Graf, DI (FH) Anton Grünberg, DI Dr. nat. techn. Matthias Hackl 1 SWS 2 ECTS Lehrinhalte Das Seminar soll den Studierenden einen Überblick über die unterschiedlichen Bereiche der Bioinformatik geben. Es werden Vortragende aus verschiedenen Arbeitsfeldern und Themengebieten eingeladen, die über ihre Erfahrungen und Projekte sprechen. Prüfungsmodus Schriftliche Prüfung am Ende der Veranstaltung. Lehr- und Lernmethode SeminarreiheVorträge und Diskussionen Sprache Deutsch-Englisch
> Betreuung Bachelorarbeit 1 - BIF VO+UEBioengineeringmore Betreuung Bachelorarbeit 1 - BIF VO+UE Vortragende: FH-Prof.in Mag.a Dr.in Alexandra Graf, Anna Tomaselli, BSc 2 SWS 2 ECTS Lehrinhalte Die Lehrveranstaltung dient der Betreuung der schriftlichen Verfassung der Bachelorarbeit. Es wird der biologische Hintergrund des gewählten Themas aufgearbeitet und die Form der schriftlichen Arbeit besprochen. Prüfungsmodus Abschlusspräsentation Lehr- und Lernmethode Vortrag, Diskussionen Sprache Deutsch
> Bioinformatik ILVMolekulare Biotechnologiemore Bioinformatik ILV Vortragende: Samuel Gerner, FH-Prof.in Mag.a Dr.in Alexandra Graf, Anna Tomaselli, BSc 3 SWS 3 ECTS Lehrinhalte In der Einführung wird besprochen was Bioinformatik ist und warum man heute Bioinformatik braucht. Die Studierenden werden in die Grundlagen der Programmierung eingeführt und können kleine Beispiele selbst ausprobieren.Es werden einzelne Themengebiete aufgegriffen und die bioinformatische Anwendungen durch diskutiert, die Themengebiete umfassen:- Warum hat sich Bioinformatik entwickelt, was ist Bioinformatik- Human Genome Projekt und seine Konsequenzen- Biologische Sequenzen, Sequenzvergleich und Datenbanksuche- Mustersuche- Sequenzstruktur und Strukturvorhersage - High Throughput Technologien und Datenanalyse Prüfungsmodus Abgabe der Übungen im Moodle sowie kurze multiple choice Tests im Moodle. Lehr- und Lernmethode Vorlesung, Powerpoint Präsentation, Diskussion und selbständiges ausprobieren von Bioinformatik Tools und kleinen Programmen Sprache Deutsch-Englisch
> Bioinformatik VOBioengineeringmore Bioinformatik VO Vortragende: FH-Prof.in Mag.a Dr.in Alexandra Graf 0.5 SWS 1 ECTS Lehrinhalte Beispielhaft werden algorithmische Grundkonzepte in der Bioinformatik druchgesprochen und praktisch ausprobiert- Umgang mit Sequenzen als Daten- Erzeugung von phylogenetischen Bäumen- Hidden Markov Modelle Prüfungsmodus Praktische Programmieraufgabe Lehr- und Lernmethode Vorlesung (Powerpointpräsentation)praktische Übungen am Computer Sprache Deutsch
> Molekulare Genetik und Stammentwicklung VOBioengineeringmore Molekulare Genetik und Stammentwicklung VO Vortragende: FH-Prof.in Mag.a Dr.in Alexandra Graf, Mag.a Elisabeth Malle, PhD 2 SWS 4 ECTS Lehrinhalte Vermittlung der Grundlagen der Molekularen Genetik: Woraus bestehen Lebewesen – biochemisch - aus welchen Molekülen - aus welchen Kompartimenten – Strukturen?Wie werden diese Moleküle – Kompartimente – Strukturen an die Nachkommen weitergegeben?Wie funktionieren Lebewesen auf chemisch-physikalischer Ebene?Wie wird das Leben „gesteuert“?Inwieweit sind die Nachkommen identisch, bzw. wie unterschieden sie sich von den Eltern?Wie erklärt man genetische – biologische Verwandtschaft auf molekularer Ebene?Vermittlung der Grundlagen der rekombinanten DNA-Technologie:Enzymatische Modifikation der DNAVervielfältigung der DNA - Polymerase Chain Reaction (PCR)Genexpression und DNA-KlonierungGentransfer in die WirtszelleIsolierung von genomischer und Plasmid-DNABakteriophagen - Biologie und ApplikationQualitative und quantitative analytische MethodenHybridisierung und Blotting TechnikenDNA-Rekombination und deren spezielle AnwendungenExpressions-/Wirt-/VektorsystemeGenomics und Proteomics Prüfungsmodus schriftliche Prüfung Lehr- und Lernmethode Vorlesung Sprache Deutsch
> Programmierung und Bioinformatik VO+UEBioengineeringmore Programmierung und Bioinformatik VO+UE Vortragende: FH-Prof.in Mag.a Dr.in Alexandra Graf, Anna Tomaselli, BSc 1 SWS 3.5 ECTS Lehrinhalte 1. In der Einführung wird besprochen was Bioinformatik ist und warum man heute Bioinformatik braucht. Es werden einzelne Themengebiete aufgegriffen und die bioinformatische Anwendungen durchdiskutiert. 2. Es werden konzeptionelle Grundkonzepte von Programmiersprachen durchbesprochen und in kleinen praktischen Beispielen erarbeitet.Die spezifischen Themengebiete der Bioinformatik umfassen:- Warum hat sich Bioinformatik entwickelt, was ist Bioinformatik- Human Genome Projekt und seine Konsequenzen- Biologische Sequenzen, Sequenzvergleich und Datenbanksuche- Mustersuche- Sequenzstruktur und Strukturvorhersage - High Throughput Technologien und Datenanalyse Prüfungsmodus Mitarbeit bei den Übungen, kurzer Test am Ende der Vorlesung Lehr- und Lernmethode Vorlesung, Powerpoint Präsentation, Diskussion und selbständiges ausprobieren von Bioinformatik Tools
> Programmkonzeption, Programmierung, Automatisierun...Bioengineeringmore Programmkonzeption, Programmierung, Automatisierung, Bachelorarbeit 1 SE Vortragende: DI Norbert Auer, Dr. Matthias Gerstl, FH-Prof.in Mag.a Dr.in Alexandra Graf, Anna Tomaselli, BSc 5 SWS 10 ECTS Lehrinhalte Die Vorlesung dient zur Betreuung der Bachelorarbeit, die Inhalte richten sich nach dem ausgewählten Thema.Python (Norbert Auer):Es werden aufbauend auf den bisherigen Lehrveranstaltungen sämtliche wesentlichen Mechanismen der Programmierung in Python vorgestellt und anhand von praktischen Beispielen geübt, wie Funktionen, Klassenhierarchien, Polymorphismus, Exceptions, Module, und Dateiein/ausgabe. Prüfungsmodus Diesese Vorlesung dient als Grundlage für die auszuführende Bachelor-Arbeit und wird zusammen mit dieser beurteilt. Lehr- und Lernmethode Vortrag & Dialog,Interaktives Arbeiten,Übungen am Notebook Sprache Deutsch
> Sequenzvergleich und Funktionsvorhersage VOBioinformatikmore Sequenzvergleich und Funktionsvorhersage VO Vortragende: FH-Prof.in Mag.a Dr.in Alexandra Graf 1 SWS 2 ECTS Lehrinhalte In der Lehrveranstaltung beschäftigen wir uns mit der Analyse von Sequenzen. Ausgehend von einer Genomsequenz werden wir versuchen zu einer funktionellen Annotation des Organismus zu gelangen. In diesem Prozess werden wir verschiedene bioinformatische Programme verwenden und eigene Skripts schreiben. Prüfungsmodus Die Note wird zu 30% aus der Mitarbeit und den Übungsbeispielen und zu 70% aus der Abschlussprüfung errechnet. Lehr- und Lernmethode Powerpoint Vortrag, selbständiges Erarbeiten von Beispielen am PC, Diskussionen. Sprache Deutsch
> Transcriptomics und Genomics VO+UEBioinformatikmore Transcriptomics und Genomics VO+UE Vortragende: FH-Prof.in Mag.a Dr.in Alexandra Graf, Dr.rer.nat. Markus Jaritz, Anna Tomaselli, BSc 1.5 SWS 3 ECTS Lehrinhalte 1) Erarbeiten ausgewaehlter Kapitel der Bioinformatik (Next Generation Sequencing, ChIP-Seq, RNA-Seq) und2) Anwendung entsprechender bioinformatischer Werkzeuge zur Analyse der assoziierten Daten3) unter Verwendung von diverse script-Sprachen unter Linux (zBBash, AWK, Perl) Prüfungsmodus 40 % Praktisch: Abgabe eines kurzen Programmes zur Lösung einer Aufgabe60 % Theoretisch: Schriftliche Prüfung Lehr- und Lernmethode - Einleitungen und Erklärungen (Vortrag)- Gemeinsame Übungen am Computer Sprache Deutsch
> Vorbereitung auf die Masterarbeit SEBioinformatikmore Vorbereitung auf die Masterarbeit SE Vortragende: FH-Prof.in Mag.a Dr.in Alexandra Graf 0.5 SWS 1 ECTS Lehrinhalte Form und Merkmale der schriftlichen Darlegung der Masterarbeit (Diplomarbeit). Erarbeitung und Präsentation (Technik und Übung) ausgewählter Themen der Bioinformatik. Prüfungsmodus - Lehr- und Lernmethode Vortrag - Diskussion Sprache Deutsch-Englisch