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Die FH Campus Wien besteht aus Hochschulleitung, Departments mit den jeweiligen Studiengängen und Support-Organisationseinheiten. Zusätzlich sind Tocherunternehmen für Forschung und Entwicklung, Weiterbildung, Infrastruktur und Gastronomie etabliert.
Der Erhalter der FH Campus Wien ist als Verein organisiert. Zur Durchführung und Organisation des Lehr- und Prüfungsbetriebs wurde ein FH-Kollegium eingerichtet, an dessen Spitze die Rektorin/der Rektor steht.